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2016年1月26日に3DSゲーム「モンスターハンタークロス」の更新データ”Ver.1.2.0”が公開されましたが、一部更新データが適用されずにゲームを起動しても”Ver.1.1.0”のままになる不具合(?)があるようです?
最新版の更新データをダウンロードしても適用されずに旧バージョンでゲームが起動する場合は更新データを削除して再度ダウンロードすれば最新版が適用出来るかもしれません。

ゲーム(モンハンクロス)の更新データを削除する方法

3DSの本体設定を起動する
左下のデータ管理を開く
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左上のNINTENDO3DSデータ管理を開く

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追加コンテンツ管理”を開く

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追加コンテンツ管理の画面から「モンスターハンタークロス」の項目を探して開く

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モンスターハンタークロスの更新データを消去して、再度”ニンテンドーeショップ”で更新データをダウンロードすれば最新版が適用されるろ思われます。
これでも最新版が適用されない場合は3DS本体のシステムバージョンが最新になっているか確認、最新で無ければシステムバージョンを最新にする。
3DS本体のシステムバージョンが最新でもゲームが最新版にならなければ3DS本体の製造元である任天堂か、ゲームの制作をしたカプコンに連絡して不具合を報告すれば何らかの対応をしてくれると思います。

あとユーザーで出来る事といえば3DS本体の電源を落としてバッテリーを抜き本体をリセットすれば上手くいくかも知れないです。

更新データを消去する際に”追加データ管理”の項目は触らないようにしましょう。
追加データとはゲームのセーブデータになるので、間違って削除してしまうとこれまでプレイしてきたゲームのデータが消えてしまうので注意!

モンハンクロスの更新データを最新版にするためにデータの消去をするので、何らかの原因でデータが消えてしまうかもしれないので作業前にデータのバックアップを取ってから削除する作業をした方が安心かもしれません。
Newニンテンドー3DSならネットを経由してパソコンからデータ管理が出来たり、microSDカードを本体から抜き取って直接データのバックアップを取ることも出来るようです。

参考
Newニンテンドー3DS パソコンでのmicroSDカード管理 - ニンテンドー3DSサポート情報
URL:http://www.nintendo.co.jp.2-t.jp/nWRR